Trang: 74

Tập 27, số 6 2017 Phụ bản

Optimization and application of RT-PCR technique to detect and analyze molecular characteristics of M gene fragment of hantavirus in rats collected at some sites in Hanoi, 2015

Tác giả: Nguyễn Tuyết Thu, Phan Hà Mỵ, Nguyễn Thị Kiều Anh

Tóm tắt:
Nghiên cứu nhằm tối ưu hóa các điều kiện của kỹ thuật RT-PCR chẩn đoán vi rút hanta trên chuột và xác định, phân tích các đặc điểm di tryền đoạn gen M của vi rút hanta phân lập được tại Hà Nội, năm 2015. Kết quả đã xác định được các điều kiện tối ưu của kỹ thuật RT - PCR, sử dụng cặp mồi SEO-MF 1936 và SEO-MR 2353, sinh phẩm one step RT - PCR Qiagen là nhiệt độ gắn mồi 520C, 35 chu kỳ với thời gian kéo dài chuỗi là 1 phút, giới hạn phát hiện là 1x103copy/phản ứng. Áp dụng phương pháp RT-PCR đã xác định được 1/121 chuột thu thập tại một số điểm ở Hà Nội dương tính với vi rút hanta. Phân tích cây gia hệ xây dựng dựa trên đoạn gen M cho thấy vi rút hanta phân lập tại Hà Nội năm 2015 thuộc nhóm SEOV cùng với các vi rút hanta phân lập ở Trung Quốc, Nhật bản, Hàn Quốc và Indonesia. Vi rút nằm chung dưới nhóm các vi rút phân lập ở Việt Nam, nhưng tạo một cluster riêng biệt với các vi rút lưu hành trước đó tại Hà Nội và Hải Phòng. Mức độ tương đồng N và aa với vi rút Hanta lưu hành tại Hà Nội và Hải Phòng tương ứng là 87,4%- 90% và 88,6 - 99,5%.

Summary:
The study aimed to optimize the conditions of RT-PCR technique for the detection of hantavirus in rats and to identify and analyze the M gene fragment of hantavirus isolated in Hanoi, 2015. The optimal conditions of RT-PCR technique, using primer set of SEO-MF 1936 and SEO-MR 2353, one step RT-PCR Qiagen kit was determined such as annealing temperature at 520C, 35 cycles and elongation for 1 minute, the detection limit was found to be 1x103copy per reaction. Optimized RT - PCR was applied to detect hanta viruses in rats collected in some places of Hanoi in 2015. One out of 121 rats was positive for hantavirus by RT-PCR. Phylogenetic tree was constructed by nucleotide sequence of partial M gene. The results showed that this virus belonged to SEOV goup together with other hantaviruses isolated in China, Japan, Korea and Indonesia. It also was in a sub group of viruses isolated in Vietnam but formed a distinct cluster with previously isolated viruses in Hanoi and Hai Phong. The homology of nucleotide and amino acide sequences of this virus with viruses isolated previously in Hanoi and Haiphong was 87.4%- 90% and 88.6 - 99.5%, respectively.

Từ khóa:
vi rút hanta, RT-PCR, chuột

Keywords:
hanta virus, RT - PCR, rats

File nội dung:
o176p74.pdf

Tải file:

Tải file với tiền ảo trong tài khoản thành viên.