Trang: 143
Tập 27, số 11 2017
So sánh giải trình tự định danh Leptospira spp trên hai gen mục tiêu rpoB và 16S rRNA
Comparative sequence analysis of the two genes rpoB and 16S rRNA to identify Leptospira species
Tác giả: Hoàng Kim Loan, Đinh Thị Ngọc Anh, Lạc Ngọc Thêm, Nguyễn Viết Chánh, Phùng
Lê Trâm, Nguyễn Minh Châu, Lê Thanh Tùng, Phạm Công Trung, Vũ Thị Quế Hương
Tóm tắt:
Nhằm giới thiệu một công cụ mới trong việc định danh, góp phần tìm hiểu, xác định đặc tính di truyền một
cách chính xác và đầy đủ các chủng Leptospira lưu hành tại Việt Nam, bổ sung thông tin về dịch tễ học
Leptospirosis, chúng tôi tiến hành nghiên cứu so sánh kết quả giải trình tự trên hai gen mục tiêu rpoB và
16S rRNA. Nghiên cứu thực hiện trên 7 mẫu AND từ mô thận động vật gặm nhấm được giải trình tự, phân
tích đặc tính di truyền của nucleic acids trên gen rpoB, tiến hành so sánh với kết quả nghiên cứu đã công
bố trước đây trên gen 16S rRNA của cùng mẫu ADN. Kết quả cho thấy, cả 7 mẫu định danh trên gen rpoB
đều thuộc nhóm Leptospira gây bệnh. So sánh độ tương đồng với các chủng đã công bố trên Gen Bank,
chúng tôi thấy: có 4/7 mẫu có kết quả giống nhau trên hai gen, 3/7 mẫu có kết quả định danh khác nhau
giữa hai gen. Kết quả này khẳng định, hoàn toàn có thể áp dụng gen rpoB trong việc sàng lọc định danh
Leptospira từ mẫu mô nhằm định danh, phân tích đặc tính di truyền ban đầu Leptospira và khả năng phát
hiện loài mới. Để củng cố và gia tăng tính chính xác của việc định danh Leptospira trên gen rpoB cần tiến
hành nghiên cứu thêm trên mẫu lâm sàng và mẫu phân lập vi sinh; so sánh phân tích với một số gen khác
trong áp dụng trong phân tích di truyền Leptospira.
Summary:
In this study, seven DNA samples from
rodent kidney tissueswere sequenced, analyzed
the genetic characteristics of the nucleic acids
on the rpoB gene.
Based on the same DNA sample, wee also
compared to the previously published results
of the 16S rRNA gene in order to, introduce
a new tool for identifying, and characterizing
the genetic definitely of Leptospira strains,
support information on Leptospirosis
epidemiology in Vietnam. The results
showed that all seven samples analysed on
the rpoB gene sequences belonged to the
pathogenic Leptospira group. In determining
the similarity with the strains published
on Gen Bank: 4 out of 7 samples have the
similar on two genes, 3/7 have different
genetic analysis. These results showed that
analysis of rpoB gene can be applyed to initial
screening Leptospira from tissue samples
for identification and analyzing Leptospira
genetic characteristics or detecting new
species. In order to support and enhance the
accuracy of the identification of Leptospira
by rpoB gene as well as to provide sufficient
information on epidemiology, analysis
should be performed on clinical and isolation
samples and combined with analysis other
genes for use in genetic analysis Leptospira
Từ khóa:
gen rpoB, Leptospira, Việt Nam
Keywords:
gen rpoB, Leptospira, Việt Nam
File nội dung:
o1711143.pdf
Tải file: