Trang: 50

Tập 27, số 13 2017

Validation of a modified single-tube nested PCR for detection of toxigenic Clostridium difficile in patients with antibiotics-associated diarrhea in Vietnam

Tác giả: Vũ Thị Thu Hường, Lê Thị Trang, Phùng Thị Thu Hằng, Tăng Thị Nga, Đỗ Thị Quỳnh Nga, Trần Thị Hải Âu, Vũ Thị Kim Liên

Tóm tắt:
Chúng tôi đã cải tiến quy trình nested PCR mở ống truyền thống (nested PCR hai ống) thành nested PCR một ống, nhằm phát hiện gen sinh độc tố TcdB của vi khuẩn Clostridium difficile. Bước cải tiến bao gồm 4 trình tự mồi được trộn trong một ống phản ứng PCR duy nhất, không mở ống trong các chu kỳ nhân gen, chu trình nhiệt gồm 2 giai đoạn nhân gen với 2 nhiệt độ lai khác nhau 15oC, tương ứng với nhiệt độ lai tối ưu của hai cặp mồi ngoài và trong. Giới hạn phát hiện của quy trình nested PCR một ống là 101 copies/ phản ứng. Trên 54 mẫu phân của bệnh nhân tiêu chảy sau dùng kháng sinh, so với nuôi cấy, nested PCR một ống có độ nhạy và độ đặc hiệu lâm sàng, giá trị dự đoán dương tính, giá trị dự đoán âm tính lần lượt là 95,8%, 100%, 100% và 96,8%, tương đương với quy trình nested PCR hai ống. Quy trình Nested PCR một ống cải tiến có ưu điểm tránh nhiễm chéo, giảm thời gian và chi phí xét nghiệm, đồng thời có hiệu quả phát hiện gen sinh độc tố TcdB của C. difficile tương đương nested PCR hai ống, vì vậy, có thể sử dụng làm một trong những xét nghiệm tại chỗ cho chẩn đoán nhiễm trùng do C. difficile tại các cơ sở y tế ở Việt Nam.

Summary:
We modified standard nested PCR (double-tube, open-tube) to single-tube nested PCR (closed-tube) for detection of toxin B gene of Clostridium difficile in patients with antibiotics-associated diarrhea. The modification included a mixture of 4 outer and inner primers in one PCR tube, a cycling profile of 2 amplification steps with 2 optimal annealing temperatures for outer and inner primers. Melting temperature of outer primers was 15oC higher than those of inner primers. Our results showed that detection limit of the single-tube nested PCR assay was 101copies/reaction. The nested PCR assay was then applied on 54 stool samples of patients antibiotics-associated diarrhea. PCR results were compared with culture results. Clinical sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value for single-tube nested PCR were 95%, 92,6%,73,1% and 98,9%, respectively. Single-tube nested PCR assay has advantages in reducing cross-contamination risks, cost and run time, as compared to standard nested PCR, thus can serve as one of point-of-care diagnostic methods to diagnose C. difficile infection in Vietnam

Từ khóa:
Clostridium difficile, Nested- PCR, Tiêu chảy sau dùng kháng sinh

Keywords:
JClostridium difficile, Single-tube nested PCR, antibiotics-associated diarrhea

File nội dung:
o171350.pdf

Tải file:

Tải file với tiền ảo trong tài khoản thành viên.