Trang: 28
Tập 29, số 11 2019
MÔ TẢ SỰ ĐA DẠNG DI TRUYỀN VI KHUẨN BARTONELLA BẰNG KỸ THUẬT MULTILOCUS SEQUENCE TYPING
GENETIC DIVERSITY OF BARTONELLA BACTERIA BY MULTILOCUS SEQUENCE TYPING TECHNIQUE
Tác giả: Hoàng Kim Loan, Ngô Thị Kim Ngân, Nguyễn Trường Sơn, Trần Đăng Khoa,
Nguyễn Trí Dũng, Phùng Lê Trâm, Lạc Ngọc Thêm, Nguyễn Viết Chánh,
Nguyễn Minh Châu và Phan Trọng Lân
Tóm tắt:
Vi khuẩn Bartonella là một trong những tác nhân gây bệnh nguy cấp lây truyền từ động vật sang người, là vi khuẩn đa dạng về mặt di truyền, khó nuôi cấy và kí sinh nội bào động vật. Một số nghiên cứu trước đây tại miền Nam Việt Nam đã cho thấy tỉ lệ Bartonella lưu hành khá cao trên quần thể động vật gặm nhấm. Để tìm hiểu sự đa dạng di truyền và định danh chính xác các chủng Bartonella, chúng tôi đã tiến hành
phân tích trình tự gen gltA của 45 chủng Bartonella được phân lập từ máu toàn phần của động vật gặm nhấm ở một số khu vực nội thành của thành phố Hồ Chí Minh. Áp dụng phương pháp phân tích trình tự đa điểm (Mutilocus Sequence Typing - MLST) dựa trên trình tự nucleotide của sáu locus (ftsZ, gltA, ribC, rpoB, ssrA và 16S rRNA), có 8 chủng Bartonella thuộc 3 nhóm kiểu gen trong tổng số 45 chủng đã được
phân tích sâu về đặc điểm di truyền. Kết quả phân tích cho thấy, các mẫu đều có sự tương đồng cao so với các chủng Bartonella từ 97,8% đến 99,5%. Trong đó, có 3 mẫu có độ tương đồng cao với B. tribocorum (chủng CIP105476), có 2 mẫu có độ tương đồng cao với B. queenslandensis (chủng AUST/NH12) và 3 mẫu tương đồng cao với B. elizabethae (chủng F9251). Có 5 dạng trình tự ST đã được xác định, chỉ số đa dạng nucleotide (% Pi) cao nhất ở locus gltA và rpoB (lần lượt là 4,8% và 7,2%), mức độ đa dạng alen dao động từ 1 đến 3 tùy theo locus. Nghiên cứu này cung cấp những thông tin quan trọng về sự đa dạng di truyền cũng như dịch tễ học di truyền của các chủng Bartonella trên loài gặm nhấm tại thành phố Hồ Chí Minh, Việt Nam.
Summary:
Bartonella are fastidious Gram negative bacilli, grow slowly. Bartonella is highly
adaptable to host species such as arthropods, rodents, etc. depending on the type of
Bartonella. In order to understand the genetic diversity and identifcation of Bartonella
strains, 45 Bartonella strains isolated from whole blood of rodents in some urban areas of Ho Chi Minh City were analysed by applying Mutilocus Sequence Typing (MLST) method based on nucleotide sequence of six locus (ftsZ, gltA, ribC, rpoB, ssrA and 16S rRNA). Results of analysis and sequence comparison of DNA sequences showed that 8 isolates were high sequence similarity (97.8%-99.5%) to B.
elizabethae strain F9251, B. tribocorum strain CIP105476) and queenslandensisstrain
AUST/NH12. Among 5STs, there were the differences in number of allele identifcation, ranging from 1 to 3 and the nucleotide diversity % Pi was highest in locus gltA and rpoB (4.8% and 7.2%, respectively). This study provided
important information on the genetic diversity as well as the genetic epidemiology of Bartonella in rodents in Ho Chi Minh city, Viet Nam.
Từ khóa:
Bartonella, đa dạng di truyền, MLST
Keywords:
Bartonella, Genetic diversity, MLST
File nội dung:
o191128.pdf
Tải file:
