Trang: 116
Tập 30, số 5 2020
BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ GEN THẾ HỆ MỚI TRONG PHÁT HIỆN ĐA TÁC NHÂN Ở TRẺ CÓ TRIỆU CHỨNG TIÊU CHẢY CẤP
APPLICATION OF NEXT GENERATION SEQUENCING FOR DETECTION OF MULTIPLE PATHOGENS IN CHILDREN WITH ACUTE DIARRHEA
Tác giả: Vũ Đình Thiểm, Nguyễn Thị Hiền Anh, Nguyễn Vân Trang, Chử Thị Ngọc Mai,
Lê Thị Khánh Ly, Nguyễn Minh Hồng, Đặng Đức Anh, Tessa Braeckman,
Jelle Mathijnsense và Piere VanDamme
Tóm tắt:
Bệnh tiêu chảy có tỷ lệ nhiễm và tử vong cao trong nhóm trẻ dưới 5 tuổi, đặc biệt là ở những nước đang
phát triển như Việt Nam. Vi rút rota là một tác nhân quan trọng gây tiêu chảy bên cạnh trên 20 tác nhân
vi khuẩn, vi rút và ký sinh trùng khác đã được xác định. Tuy nhiên có tới 20% những ca bệnh không xác
định được nguyên nhân. Nghiên cứu này nhằm sử dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới (Nextgeneration sequencing - NGS) để phát hiện những tác nhân mới trong những ca bệnh tiêu chảy ở trẻ em.
Mẫu phân của trẻ uống vắc xin rota mắc tiêu chảy được thu thập và sàng lọc một số tác nhân phổ biến
bằng realtime RT-PCR và ELISA. Đồng thời, 3-4 mẫu của trẻ em Việt Nam và Bỉ được trộn lại để phân
tích đa tác nhân bằng NGS. 25 và 15 nhóm tác nhân được phát hiện tương ứng ở mẫu bệnh phẩm của
trẻ em Việt Nam và Bỉ. Bên cạnh các tác nhân vi rút quen thuộc họ Picornavirdae, Caliciviridae, phương
pháp đã phát hiện một số vi rút không thường xuất hiện như vi rút thuộc họ Parvoviridae, một số thực
khuẩn thể (bacteriophage) của V.cholera, Samonella trong các ca tiêu chảy ở cả Việt Nam và Bỉ. Như vậy
phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới có thể dùng để phát hiện đa tác nhân, bao gồm cả các tác nhân
tiềm năng.
Summary:
Diarrhea cause high mobidity and mortality
in children under 5 years of age, especially
for developing countries like Viet Nam. Apart
from rotavirus, known to be the most important
cause of acute diarrhea in chidren, more than
20 pathogens have been identifed. However,
there is still 20% of diarrheal cases with
unknown cause worldwide. This study aimed
to apply of next generation sequencing for
detection of multiple pathogens in children with
acute diarrhea. Fecal samples from rotavirus
vaccinated chidren were collected and tested
for common pathogens by realtime RT-PCR
and ELISA. For NGS 3-4 samples were pooled
and analysed. Twenty-fve and ffteen groups of
pathogens were identifed in fecal samples from
Vietnamese and Belgium children. Apart from
the members of the Picornavirdae, Caliciviridae
family, uncommon members from Parvoviridae,
bacteriophage of V. cholera, Samonella were
identifed in Vietnam. Thus, NGS could serve
as an useful tool to identify multiple pathogens
including new pathogens in Vietnam.
Từ khóa:
NGS; tiêu chảy cấp; Việt Nam; Bỉ
Keywords:
Next generation sequencing; acute diarrhea; Vietnam; Belgium
File nội dung:
o2005116.pdf
Tải file:
