Trang: 31

Tập XXIII, số 11 (147) 2013

Development of realtime RT - PCR in detection and differentiation Japanese encephalitis virus genotype GI and GIII

Tác giả: Đỗ Phương Loan, Bùi Minh Trang, Phan Thị Ngà

Tóm tắt:
Nghiên cứu này được thực hiện nhằm mục đích thiết kế cặp mồi đặc hiệu với genotype vi rút VNNB genotype 1 (GI) và genotype3 (GIII) để ứng dụng cho kỹ thuật Realtime RT-PCR phát hiện và xác định GI và GIII của vi rút VNNB từ mẫu bệnh phẩm lâm sàng. Kết quả nghiên cứu cho thấy, bộ mồi thiết kế có độ đặc hiệu cao, xác định chính xác kiểu gen của các chủng vi rút VNNB cho kỹ thuật Realtime RT-PCR, đối với mẫu kiểm tra ngưỡng phát hiện là 1,5 PFU và 3,0 PFU với kiểu gen GI và GIII tương ứng. Ứng dụng kỹ thuật này để kiểm tra 43 mẫu dịch não tủy của bệnh nhân có chẩn đoán lâm sàng nghi ngờ viêm não do vi rút đã phát hiện được 7 mẫu dương tính bao gồm có 3 mẫu dương tính là vi rút VNNB GI và 4 mẫu dương tính là vi rút VNNB GIII. Chọn 02 mẫu được xác định là GI và GIII có giá trị chu kỳ ngưỡng thấp để phân lập vi rút trên tế bào C6/36, phân lập dương tính được khẳng định là vi rút VNNB bằng kỹ thuật RT-PCR. Kết quả nghiên cứu này cho thấy có thể ứng dụng kỹ thuật Realtime RT-PCR này để sàng lọc mẫu, định hướng cho phân lập vi rút, tiết kiệm được thời gian và kinh phí

Summary:
This study was conducted to design the high sensitive and specificity primer sets to Japanese encephalitis virus (JEV) genotype I and III for Realtime RT-PCR in order to detect and differentiate JEV GI and GIII genotypes in clinical samples from suspected viral encephalitis syndrome. The results showed that the designed primer sets for Realtime RT-PCR had the high specific and sensitivity which could be detected JE GI and GIII at 1.5PFU and 3 PFU, respectively. Using this primer sets for Realtime RT-PCR for the detection of JEV RNA in 43 clinical samples, which were collected from suspected viral encephalitis cases. There were 7 positive samples of which 3 JEV GI and 4 JEV GIII samples. Choosing 2 positive samples, 1 from GI and 1 from GIII with low Ct value for the isolation of virus by C6/36 cells, its culture fluid of infected cells were checked and confirmed positive by RT-PCR. These results can orient for screening samples before the isolation of JEV in order to save time and cost if in comparison with the isolation of virus in all CSF samples

Từ khóa:
Viêm não Nhật Bản, vi rút, Realtime RT PCR, genotype I và III

Keywords:
Japanese encephalitis, virus, Realtime RT- PCR, genotype I and III

File nội dung:
yhdp_origin31_11_2013.pdf

Tải file:

Tải file với tiền ảo trong tài khoản thành viên.