Trang: 27

Tập XXVI, số 10 (183) 2016

Molecular characteristics of rubella virus in Vietnam, 2008 – 2013

Tác giả: Triệu Thị Thanh Vân, Phạm Thị Thu Hằng, Nguyễn Thị Mai Duyên, Đỗ Phương Loan

Tóm tắt:
Vi rút rubella là một trong những căn nguyên quan trọng gây sốt phát ban ở Việt Nam đặc biệt là khả năng gây hội chứng rubella bẩm sinh ở trẻ sơ sinh khi bà mẹ nhiễm vi rút rubella, nhất là trong 3 tháng đầu của thai kỳ. Trong nghiên cứu này, chúng tôi tiến hành xác định kiểu gen và phân tích đặc điểm sinh học phân tử của vi rút rubella lưu hành tại Việt Nam trong giai đoạn từ 2008 đến 2013. Tổng số trình tự nucleotide của chủng vi rút rubella được phân tích là 63 trình tự bao gồm 16 trình tự nucleotide được thực hiện trong nghiên cứu này và 47 trình tự được thu thập trên ngân hàng gen. Kết quả cho thấy các chủng rubella trong nghiên cứu này đều thuộc kiểu gen 2B nhưng chia thành hai phân nhóm: phân nhóm 1 gồm các chủng lưu hành năm 2008-2010 và phân nhóm 2 gồm các chủng lưu hành sau năm 2010. Sự khác biệt về nucleotide giữa hai phân nhóm là 4.2%. Phân nhóm 2 là phân nhóm lưu hành rộng rãi nhất hiện nay của kiểu gen 2B. Tốc độ tiến hóa của chủng vi rút rubella lưu hành tại Việt Nam là 1.43x10-3 thay đổi/vị trí/năm. Tổ tiên chung gần nhất của kiểu gen 2B lưu hành tại Việt Nam là khoảng năm 1993, của phân nhóm 1 là 2001 và phân nhóm 2 là 2007.

Summary:
Rubella virus (RV) is one of the most important respiratory viruses causing rash fever, especially pregnant women in Vietnam due to congenital rubella syndrome (CRS) in infants. Molecular epidemiology of RV plays an important role in rubella and CRS control and elimination program. In this study, we determined genotype distribution and characterized molecular properties of RV strains circulating in Vietnam from 2008 to 2013. A total of 63 RV sequences was analysed including 16 strains which were sequenced in this study and 47 sequences collected in GenBank. Rubella genotypes identification based on 739 nucleotide sequences of E1 gene. All of rubella strains in this study belonged to 2B genotype. However, they were clustered into two different sub-genotypes: sub-genotype 1 included strains from 2008 to 2010 and subgenotype 2 included strains from 2010 to 2013 with p-distance of 4.2%. Sub-genotype 2 was the most predominant one circulating recently. Evolutionary rate of Vietnamese rubella viruses was 1.43x10-3 substitutions/site/year, similar to rubella viruses circulating globally. Time of the most recent common ancestor of Vietnam 2B strains was about 1993 in which tMRCA of sub-genotype 1 was 2001 and that of subgenotype 2 was 2007.

Từ khóa:
Vi rút rubella, kiểu gen, miền Bắc Việt Nam

Keywords:
Rubella virus, genotype, Northern Vietnam

File nội dung:
O161027.pdf

Tải file:

Tải file với tiền ảo trong tài khoản thành viên.