Trang: 65
Tập 31, số 6 2021
ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN CỦA CHỦNG KLEBSIELLA PNEUMONIAE LÂM SÀNG KHÁNG PHỔ MỞ RỘNG PHÂN LẬP TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
GENETIC CHARACTERIZATION OF A CLINICAL EXTENSIVELY DRUG RESISTANT KLEBSIELLA PNEUMONIAE ISOLATED IN HO CHI MINH CITY
Tác giả: Lê Thị Liên, Lê Võ Hồng Ngọc, Lê Hà Tầm Dương, Nguyễn Thị Yến Nhi,
Nguyễn Thị Hạnh Lan, Hoàng Ngọc Khánh Quỳnh, Lê Thị Thanh Thùy,
Bùi Thế Trung, Trần Khánh Linh, Trần Thị Bích Phượng, Võ Trần Ngọc Trinh,
Lương Thị Mỹ Ngân, Cao Thị Bảo Vân
Tóm tắt:
Klebsiella pneumoniae thuộc nhóm tác nhân gây nhiễm khuẩn bệnh viện hàng đầu. Việc lựa chọn kháng
sinh điều trị hiệu quả trở nên nan giải khi vi khuẩn tiếp nhận và kết hợp nhiều cơ chế trở thành chủng
kháng phổ mở rộng (XDR), chỉ còn nhạy cảm với một hoặc hai nhóm kháng sinh. Chúng tôi tiến hành
nghiên cứu nhằm mô tả đặc điểm di truyền chủng K. pneumoniae XDR lâm sàng PI15KP27 từ dữ liệu
giải trình tự bằng hệ thống MinION kết hợp với MiSeq. Kết quả phân tích bộ gene PI15KP27 cho thấy
chủng có một nhiễm sắc thể dài 5.247.824bp và ba plasmid vòng có kích thước lần lượt là 222.330bp,
144.138bp và 121.851bp. Ngoài 29 gene kháng tìm được dựa trên cơ sở dữ liệu Resfnder, kể cả gene
kháng colistin mcr-1 và carbapenem blaNDM-4, cơ sở dữ liệu CARD cung cấp thêm 14 gene quy định tính
kháng liên quan đến cả bốn cơ chế bơm đào thải, giảm tính thấm của màng, tác động đến mục tiêu và bất
hoạt bằng enzym. Việc tiếp nhận nhiều và đa dạng gene kháng có sự đóng góp quan trọng của các yếu
tố di động như plasmid, yếu tố gắn chèn IS, gene tra, gene cassette. Sự kết hợp của nhiều cơ chế kháng
kháng sinh trong chủng lâm sàng này làm báo động về khả năng lây lan của vi khuẩn K. pneumoniae
XDR trong các cơ sở y tế.
Summary:
Klebsiella pneumoniae is one of the leading
causes of hospital-acquired infections. The
choice of effective antibiotic for treatment
the extensively drug resistant (XDR) bacteria,
which remain susceptible to only one or
two antimicrobial categories, is in a serious
predicament. We conducts this study aimed
to describe, the genetic characterization of a
clinical XDR Klebsiella pneumoniae (designed
PIKP27) using whole-genome data which
was sequenced by the Illumina MiSeq and
Oxford Nanopore MinION platforms. The
results indicated that PI15KP27 consisted of a
5,247,824-bp chromosome and three circular
plasmids pKP27-MCR1, pKP27-NDM4
and pKP27-MPHA with sizes of 222.330bp,
144.138bp and 121.851bp, respectively. In
addition to 29 genes identifed by Resfnder
database, containing colistin resistance gene
mcr-1 and carbapenem resistance gene blaNDM-4,
the CARD database provided more 14 genes
involving in four antimicrobial resistance
mechanisms including efux, inactivation, target
alteration and reduced permeability to antibiotic.
The presence of mobile genetic elements, such as
the plasmids, ISs, tra genes, gene cassette play
important roles in evolution and diversity of multidrug resistant characteristic. The accumulation of
multiple antibiotic resistance mechanisms in this
clinical isolate raise alarm on potential spread of
XDR K. pneumoniae in healthcare settings.
Từ khóa:
Klebsiella pneumoniae; kháng phổ mở rộng; lâm sàng; đặc điểm di truyền; Thành phố Hồ Chí Minh
Keywords:
Klebsiella pneumoniae; extensively drug resistant; clinical; genetic characterization; Ho Chi Minh City
DOI: https://doi.org/10.51403/0868-2836/2021/375
File nội dung:
o210665.pdf
Tải file: